Đêm 7 tháng 7 năm 1963, Nhất Linh đã quyên sinh bằng rượu pha độc dược. Theo lệnh của nhà cầm quyền lúc bấy giờ, gia đình phải chôn ông gấp tại nghĩa trang chùa Giác Minh ở Gò Vấp, không cho đợi người con cả của ông ở Pháp về dự lễ tang.

Năm 1975, Nguyễn Tường Thạch (con trai Nhất Linh) đã hỏa thiêu di cốt của cha, rồi gửi bình tro tại chùa Kim Cương, đường Trần Quang Diệu, quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh. Năm 1981, vợ ông sang Pháp đoàn tụ với các con, rồi qua đời và an táng tại đó.Năm 2001, các con của ông quyết định đưa di cốt của cha mẹ và của chị gái lớn là Nguyễn Thị Thư về trong khu mộ của dòng họ Nguyễn Tường tại Hội An (Quảng Nam).[17]